先天性生殖器官发育畸形和/或功能障碍，常防碍性功能，影响生育力；虽发生率不高，但也是男性不育的重要原因之一。

1、阴茎先天性异常

    有阴茎发育不全、隐匿阴茎、小阴茎（长度小于5cm）及异位阴茎（如阴囊后阴茎）等，影响阴茎不能勃起性交或精子过少而无受孕的可能。

     2、尿道畸形

如尿道上裂和尿道下裂，常影响性交或精子未能射入阴道内，其他如先天性尿道憩室及狭窄等，可有程度不等的射精障碍。

     3、睾丸发育和位置异常

有无睾、睾丸发育不全、隐睾、睾丸融合、多睾、睾丸附睾分离等，干扰或破坏睾丸的正常生理功能，造成精子生成障碍，影响性功能和生殖能力。

     4、其他

先天性附睾、输精管发育不全或缺如、输精管道梗阻、精囊发育不全或缺如、前列腺发育不全与憩室等均造成附属性腺功能障碍而致使不育。